Coproculture

La coproculture a pour objet de mettre en évidence la bactérie responsable d’une diarrhée infectieuse.

Indications

• Diarrhée chez un enfant de moins de 2 ans.

• Syndrome hémolytique et urémique de l’enfant.

• Diarrhée au retour d’un voyage en zone tropicale ou apparue à l’occasion d’une antibiothérapie.

• Toxi-infection alimentaire collective.

• Détection de portages bactériens chez le personnel de restauration.

Prélèvement

Les selles sont recueillies dans un récipient propre. Il en est prélevé aussitôt une petite quantité (une noix) qui est mise dans un tube stérile à l’aide d’une spatule et portée aussitôt au laboratoire (si cette condition ne peut être remplie, il est possible de conserver à 4 °C pendant quelques heures).

Il est possible de se contenter d’un écouvillonnage rectal (nourrisson et recherche de portage de bactéries).

Technique

Salmonelles, Shigella, Campylobacter (et parfois Yersinia) sont les germes recherchés systématiquement par le laboratoire par ensemencement sur milieux sélectifs.

—- Les autres germes doivent faire l’objet d’une demande explicite : E. coli O157. H7, Klebsiella oxytoca en cas de diarrhée, Clostridium difficile en cas d’antibiothérapie en cours ou récente.

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Si le diagnostic est urgent (gastro-entérites infantiles), il est possible de demander un examen en immunofluorescence directe sur les selles.

Résultats

En cas de diarrhée sanglante et fébrile, la coproculture permet de reconnaître une shigellose (S. sonnei ou S. flexneri) ou, chez l’adulte jeune entre 15 et 25 ans, une infection à Campylobacter, deux

infections qui ne sont mises en évidence que par la coproculture, les hémocultures étant constamment négatives.

Au cours d’une diarrhée postantibiothérapie, la présence de leucocytes dans les selles et la mise en évidence de C. difficile concourent au diagnostic de colite pseudo-membraneuse, imposant l’arrêt immédiat des atropiniques et des antibiotiques.

Au retour d’un pays en voie de développement, la persistance inhabituelle (au-delà de trois semaines) d’une « diarrhée des voyageurs » impose de rechercher le germe en cause – un colibacille entérotoxi- nogène (ETEC) dans plus de 50 % des cas.

En cas de typhoïde, la coproculture peut isoler Salmonella typhi, ou l’une des trois Salmonella paratyphi, alors que l’hémoculture est négative. La négativité de deux coprocultures à quinze jours d’intervalle est exigée pour affirmer la guérison.

Dans les salmonelloses dites « mineures » (S. typhi murium, S. enteritidis, S. wien, etc.), un portage asymptomatique peut persister jusqu’à quatre semaines après la guérison clinique. Il est utile de dépister ces porteurs surtout chez les professionnels de l’alimentation.

Chez le nourrisson, le caractère épidémique d’une diarrhée (crèches, services hospitaliers) fait rechercher en priorité à la coproculture un E. coli entéropathogène (EPEC).

Chez l’enfant un syndrome hémolytique et urémique fait rechercher une infection à E. coli 0157.H7 traduite par une gastro-entérite brutale. La shigatoxine responsable peut être mise en évidence par PCR.

Remarque : les bactéries présentes dans les selles sont loin d’être toujours pathogènes. Il ne faut pas se laisser abuser par un résultat positif (voir à ce sujet le tableau ci-dessous).

Bactéries habituellement présentes dans les selles	Bactéries souvent présentes dans les selles
• E. Coli	• Staphylococcus aureus
• Streptococcus fœcalis (entérocoques)	• Clostridium perfringens
• Bactéroides fragilis	• Lactobacillus
• Proteus, Klebsiella, Enterobacter	• Candida albicans (champignon)

Si l’on suspecte une diarrhée à staphylocoques, il est inutile de rechercher le staphylocoque dans les selles où sa présence ne prouve rien. C’est dans l’aliment suspect qu’il faut le mettre en évidence.

L’antibiogramme des bactéries isolées par la coproculture ne doit pas être systématique.